New Game+ modu: Oyunu herhangi bir zorluk seviyesinde bitirdikten sonra ana menüde "New Game+" seçeneği aktif hale gelecek. Bu modla beraber Prototype 2'yi, önceki bitirdiğiniz oyunda açtığınız upgrade'ler ve evolution seviyeleriyle beraber tekrar oynayabilirsiniz.

Insane modu: Insane zorluk seviyesini açmak için Prototype 2'yi "Hard" zorluk seviyesinde bitirin.